دپارتمان شیمی دبیرستان مصباح با هدف تقویت درک علمی دانش‌آموزان، محیطی پویا و پژوهش‌محور فراهم کرده است. این دپارتمان با بهره‌گیری از اساتید مجرب و آزمایشگاه‌های مجهز، مفاهیم شیمی را به صورت کاربردی آموزش می‌دهد. همچنین، با برگزاری مسابقات و فعالیت‌های آزمایشگاهی، علاقه‌مندی به علوم پایه را در دانش‌آموزان تقویت می‌کند.