شورای مشاوره پایه‌های دبیرستان مصباح نور با هدف پیگیری مسائل تحصیلی و تربیتی دانش‌آموزان فعالیت می‌کند. این شورا با حضور مشاوران و دبیران هر پایه، وظیفه راهنمایی آموزشی، رفع مشکلات تحصیلی و حمایت روحی–روانی دانش‌آموزان را بر عهده دارد.